Vom Fährhafen Sassnitz gehen die Fährverbindungen ins schwedische Trelleborg, ins Baltikum nach Klaipėda und nach Sankt Petersburg ab.
Mit der ebenfalls zum Landkreis Rügen gehörenden Insel Hiddensee ist Rügen vom Fährhafen Schaprode aus im Linienverkehr der Reederei Hiddensee verbunden, die zunehmend in den integralen Taktfahrplan auf der Insel Rügen eingebunden wird. Zusätzlich verkehren Schiffe im Linienverkehr von Stralsund aus nach Hiddensee. Schließlich verbindet eine Fähre der Weißen Flotte Stralsund Altefähr im Linienverkehr mit Stralsund. Im Ausflugsverkehr gibt es Verbindungen von Breege und Wiek nach Hiddensee, von Lauterbach nach Gager sowie zwischen Sassnitz, Binz, Sellin und Göhren, hinzu kommen Rundfahrten vor allem von Sassnitz aber auch von Lohme zum Königsstuhl.